分離型キーボードでは基本的に2つのProMicroに同一のファームウェアを書き込んで使用します。この時キーボードの右と左はデフォルトではUSBケーブルが刺さっている側が左（master）になります。
どちらのProMicroにUSBケーブルを刺しても左右が固定されるようにする方法はいくつかありますが、EEPROMによる固定が最も簡単だと思います。
詳細はQMK FirmwareのHandedness by EEPROMにあります。
前提として、ファームウェアをビルドする前に、config.hに以下の追加が必要です。
#define EE_HANDS
ビルドしたファームウェアをProMicroに書き込む際に、Pro Micro Web Updaterを利用します。
ファイル選択からファームウェアを選んで、eeprom optionで左用はsplit-left、右用はsplit-rightを選んでflashするだけです。
書き込んだら、左用を左のキーボードに、右用を右のキーボードに使用すればOKです。
